El 15 de Junio de 2013, Independiente descendía de categoría por primera vez cayendo derrotado por 1-0 frente a San Lorenzo. Un día como hoy pero hace 9 años, el rojo tocaba fondo y pasaba el peor momento de su historia donde una muy mala campaña tanto dirigencial como futbolística lo llevaba a jugar el fútbol del ascenso por un año entero. El declive comenzó en el Clausura 2012 terminando ese torneo 16° con 20 puntos, el rojo acumuló 9 derrotas en aquel torneo. Para el Inicial 2012 continuaba con la mala racha terminando 18° con tan solo tres victorias y 17 puntos en el Campeonato, cabe recalcar que en aquella temporada logró cosechar la Copa Sudamericana. Esas malas temporadas culminaron en el Torneo Final 2013 donde en la 18° fecha cayeron ante los cuervos por 1-0 y eso los llevó al descenso directo. Independiente finalizó es torneo 12° con 22 puntos donde ganó cinco partidos. Si bien esa campaña no fue tan mala como las anteriores, al rojo no le alcanzó para salvarse de perder la categoría, terminando así con el primer y único descenso del Club.