Battaglia se encuentra actualmente en la cima del ranking de los jugadores con más títulos de la historia de Boca, además de ser uno de los jugadores argentinos que más veces se consagró campeón en toda la historia.
Con 15 años como futbolista profesional, el oriundo de la provincia de Santa Fe solamente vistió las camisetas de Boca y de Villarreal de España. En el club de su vida debutó el 31 de mayo de 1998 con apenas 17 años enfrentando a Gimnasia y Tiro de Salta, correspondiente al Torneo Clausura 1998, en la victoria 4-0 del conjunto Xeneize, donde jugó los últimos 4 minutos del encuentro, siendo su único partido en dicho torneo.
Después de cinco temporadas y ocho títulos, emigró a la liga Española, donde sólo estuvo una temporada (2004-2005) en la que jugó 53 partidos.
Su vuelta al fútbol argentino se dio en 2005 nada más y nada menos que a su querido Boca donde se convirtió en el jugador que más vueltas olímpicas supo dar en toda la historia del club, logrando un lugar dentro de los máximos ídolos.
Tras una carrera de éxitos y muchos títulos, una serie de lesiones le impidieron al mediocampista finalizar con plenitud su vida futbolística, teniendo que anunciar su retiro a los 32 años.
Sebastián tuvo su emotivo partido de despedida en la Bombonera en julio de 2015. Tres años más tarde tendría su presentación como director técnico de Almagro en la Primera B Nacional,lejos de ser como lo hubiera soñado dejó su cargo muy rápidamente.
Su etapa al mando de la reserva de Boca se dio entre 2020 y buena parte de 2021, luego llegaría la oportunidad de reemplazar a Miguel Ángel Russo como técnico de la primera división. Si bien quedaría lejos de la tabla en aquel Torneo de la Liga Profesional, cerró el año ganando la final de la Copa Argentina a Talleres, logrando su primer título como DT.
Su segundo y último título como entrenador del Xeneize fue el 22 de mayo de 2022 cuando los dirigidos por Battaglia golearon a Tigre 3-0 en la final de la Copa de la Liga Profesional.
Finalmente Boca le comunicó al entrenador que dejaría de estar al mando del primer equipo luego de la eliminación de la Copa Libertadores 2022 ante Corinthians en La Bombonera.
Títulos de Sebastián Battaglia como jugador [18]
5 Torneos Apertura
2 Torneos Clausura
4 Copas Libertadores
1 Copa Sudamericana
3 Recopas Sudamericanas
2 Copas Intercontinentales
1 Copa Intertoto
Títulos de Sebastián Battaglia como Entrenador [2]
Copa Argentina 2021
Copa de la Liga Profesional 2022